空間情報科学研究センターは共同利用・共同研究拠点として，空間情報科学に関する研究を行い，同時に研究用の空間データ基盤を整備・提供することを通じて，全国の研究者の利用に供することを目的としている。
具体的には以下のような活動を行う。
1.空間情報科学の創生、深化、普及
この世で起きる現象や社会問題には、空間的な要因と密接に結びついたものが数多くある。これらの現象や問題を解明したり解決しようとすると、どの場合においても必要となる基礎的な方法がある。その汎用的な方法と応用方法を研究するのが、空間情報科学である。すなわち、空間情報科学とは、空間的な位置や領域を明示した自然・社会・経済・文化的な属性データ（＝「空間データ」）を、系統的に構築→管理→分析→総合→伝達する汎用的な方法と、その汎用的な方法を諸学問に応用する方法を研究する学問である
センター第1の活動は、この空間情報科学を創生し、深化させ、普及させることである。
（詳しくは、メンバー一覧 、主な研究プロジェクト 、出版物 などを参照）
2.研究用空間データ基盤の整備
空間情報科学の研究には、多くの空間データを必要とし、それらの空間データ作成には多くの時間、労力、費用を必要とする。これを個人の研究者が個々に揃えるのは困難であり、また研究の二重投資となって不効率である。
センター第2の活動は、共通に使われる空間データを整備し、それを自在に利用できるシステムを開発、実装して、空間データを利用する多くの分野の研究を支援することである。
（詳しくは、主な研究プロジェクト 、共同研究 、サービス機能 などを参照）
3.産官学共同研究の推進
空間情報科学の研究は、基礎科学的性格に加えて、応用・政策科学的性格を持つ特色を有しているので、産官学の共同研究が不可欠である。例えば、空間データ標準化の研究は、関連官庁との共同研究が、新しい産業を興すようなベンチャー的研究は、民間研究所との共同研究が不可欠である。
センター第3の活動は、そのような共同研究をはぐくむ場を提供することである。
（詳しくは、主な研究プロジェクト 、共同研究 、サービス機能 などを参照）